跨区域水资源分配是一种利益分配，本文从政治]经济学的视角提出“准市场”分配水资源的思路：（1）将流域水资源划分为生态水，基本用水和多样化用水三部分，生态水不容超采，基本用水流域人口均乘经，部分多样化用水进入市场交易。（2）成立由各地区参加的流域行政首长委员会，实行一省一票，多数决定，当各方对水资源分配争执不下，由中央或上级裁定，在平等参与的基础上建立规范的政治民主协商制度。（3）在逐步提高水价，降低供水的成本前提下，国家财政或国家投资对水利设施的直接补贴转向对贫困农民用户的补助，增加对中上游省份财政转移支付力度，加大国对大江大河源头地区生态环境建设投资。