国家创新体系（NIS）是近年来国内外理论界与实践界探讨较多的热点问题之一。在理论界，国家创新体系的构建和评估是NIS研究的两条主线。本文针对NIS构建及评估问题的复杂性以及国内该方面现有研究的不足，基于NIS实践，引入应对多变环境下复杂管理问题的和谐管理理论作为构建和评估国家创新体系的理论基础及理论支撑。基于该理论，本文深入探讨了国家创新体系构建的内在机理及微观机制，并建立了国家创新体系评估的系统的参考框架。本文拟运用一种新的视角和方式去完善国内现有的国家创新体系研究。