在政府采购的过程中，促进自主创新与公开招投标的实施目标具有一定的冲突，因此，研究如何建立促进自主创新的政府采购的招投标机制具有较强的理论与现实意义。本文对招投标理论进行了综述；从深刻认识增强自主创新能力的重大意义、确定自主创新的衡量标准、分层次招标、给予自主创新企业一定的优先待遇等方面。对政府采购的招投标机制进行设计，同时分析了政府采购招投标过程中可能出现的合谋操纵行为，并提出防范的相关建议。