跨学科发展与创新是全球化背景下主导科技潮流的主要力量，人类正处在跨学科大力发展的变革时代。跨学科发展与创新必然会受到传统学科体制的制约，必须由政府出面加以调控，首先解决组织管理问题。本文首先分析了美国和日本跨学科发展与创新的主要组织形式与成功经验，并在美日两国经验比较分析的基础上，针对我国跨学科发展与创新的组织形式、运行机制的构建和相关制度提出了具体的对策和建议。